概要

シングルセル解析はもはやここ数年で様々な研究領域で使用されるようになった。実際、発表論文にも広く掲載されるようになっている。シングルセル分取装置も複数のメーカーから入手可能となり、以前では不可能だった細胞種、数や大きさの制限から解き放たれ、臨床研究にも積極的に使用されている。また、特筆すべきは個人の研究費レベルでも実施可能なくらい低価格化が進んでいる。我々は微生物病研究所遺伝情報実験センターと連携し、数年来で共同研究・受託研究として多くの研究者が取り組むシングルセル解析に携わってきた。その規模は一昨年度から昨年度で解析数が倍増していることからさらなる活用が期待される。実際、新型コロナウイルスが国内外に蔓延し、研究にも制限が生じているが新型コロナウイルス制圧に向けて大阪外学内の研究者と共同してこの技術を積極的に取り入れて研究を進めている。その一環を少しでも本講座で共有したい。また日進月歩とデバイス・アプリケーション、解析手法が開発されて発表論文やネット上で知ることが可能となっているが、あまりにも多くの情報が飛び交っているため個々の研究者が選ぶべき方向性の選択がむつかしくなっている。研究者が目の当たりにしている同解析方法から得られる情報の精度・網羅性、および潜んでいる限界を紹介し、得られた情報の活用例をウエット・ドライ解析を専門にしている研究者から最新の情報を紹介し、シングルセル解析をこれから自身の研究に取り入れるために必要な情報を得てもらえるよう紹介したい。

こんな方におすすめ

• ・シングルセル解析概要を知りたい方
• ・必要な試料、費用面の実際を知りたい方
  
• ・同解析に必要な解析環境とその準備を知りたい方
• ・シングルセル解析方法と今後の見通しを知りたい方

プログラム

1. シングルセル解析技術の概略（奥崎先生）
   　1. シングルセル解析の概略
   　2. ゲノム解析室紹介と我々の取り組み
   　3. シングルセル解析の共同研究・受託解析
   　4. COVID-19研究におけるシングルセル解析の活用例
   
   2.様々なシングルセル解析（石川先生）
   　1. single cell sequencingの方法
   　2. フローサイトメーターとシングルセル解析の違い
   　3. スウェーデンの研究生活
   　4. Single cell immune profiling; COVID-19 sampleを例に
   　5. single cell ATAC-seq (single cell RNA-seqとどう違うか）
   
   3.シングルセル・バイオインフォマティクス解析について（劉先生）
   　1. 基礎的なバイオインフォマティクスとPythonの特徴
   　2. Scanpyを用いたシングルセル解析
   　3. UCSD留学で感じたインフォマティクス
   　4. trajectory、RNA velocity、Cell annotationとトレンド
   　5. シングルセル公開データベースの種類とその活用例

受講されることで得られる効果

• シングルセル解析の基礎知識と現在のトレンド
• シングルセル解析の実際
• 情報解析を推進するために必要な情報とスキル

講師